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Covid-19 : à quels chiffres se vouer ?

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Source : Mediapart, Cristophe Gueugneau, Donatien Huet, 25-03-2020

Chaque jour, les autorités annoncent le total des personnes infectées, un chiffre biaisé par la politique restrictive de la France en matière de tests. Le nombre de décès, lui, est minoré. Les seules données pour prendre la mesure restent celles des personnes hospitalisées et placées en réanimation.

Chaque jour, les autorités annoncent le total des personnes infectées, un chiffre biaisé par la politique restrictive de la France en matière de tests. Le nombre de décès, lui, est minoré. Les seules données pour prendre la mesure restent celles des personnes

hospitalisées et placées en réanimation.

À quels chiffres se fier, en France, pour évaluer l’ampleur de l’épidémie de Covid-19 ? Depuis maintenant quelques semaines, c’est devenu une rengaine quotidienne : chaque soir, le directeur général de la santé, Jérôme Salomon, décline le nombre de personnes infectées par le coronavirus en France.

22 300 cas depuis le 21 janvier annoncés le 24 mars, 19 856casle23,après16018le22,14459le21ou5423 le 15… Bien qu’en augmentation, ce bilan du nombre de cas place la France sur une trajectoire moindre que celle de nos voisins directs. Sur Internet, chacun y va de sa courbe, de son graphique (Mediapart aussi) censé montrer la hausse exponentielle, ou parfois le ralentissement de l’épidémie en France.

Et pourtant, « ce chiffre ne vaut rien », a jugé mardi sur France Inter Karine Lacombe, chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Saint-Antoine à Paris à propos des contaminés français.

Sur son site internet, Santé publique France – qui n’a pas répondu à nos sollicitations – le précise d’ailleurs : « Du fait de la difficulté de l’identification et de la confirmation biologique de l’ensemble des cas de Covid-19, les données présentées sous-estiment le nombre réel de cas. Dans le cadre du passage en phase 3, les recommandations étant maintenant de réaliser

un prélèvement à visée diagnostique uniquement pour certaines catégories de patients, cette sous-estimation devient plus importante. »

Un responsable presse de l’Agence régionale de santé (ARS) d’Île-de-France le confirme à Mediapart : « Notre système n’est pas conçu pour remonter en temps réel. »

Pour le suivi d’épidémies plus « classiques », comme la grippe, les ARS suivent en général un échantillon de population et, comme le virus est connu, peuvent en déduire, par statistique, l’ampleur de l’épidémie à un moment donné. « Mais là, nous sommes dans une situation particulière, explique l’ARS francilienne. D’un seul coup, il faut donner des chiffres en temps réel à la fois pour l’opinion et pour le décideur. »

Les ARS reçoivent les données brutes des hôpitaux et doivent les traiter. « Quand on n’a pas beaucoup de cas, c’est déjà compliqué, mais alors quand on en a beaucoup… Il faut parfois tout un travail pour retrouver où habite tel ou tel patient », selon cette ARS.

En France, la politique de tests est difficilement compréhensible. Depuis le début de l’épidémie, ceux- ci sont largement restreints à un public très particulier : des gens malades qui arrivent à l’hôpital pour partie, mais aussi le personnel soignant. Le nombre des tests effectués quotidiennement a sensiblement augmenté ces derniers jours, pour atteindre les 9 000 tests, selon la Direction générale de la santé (DGS), qui a déclaré jeudi que la France aura la possibilité de faire 29 000 tests par jour dès la semaine prochaine.

Mais les résultats même peuvent laisser sceptique. La DGS indiquait ainsi lundi avoir procédé à environ 60 000 tests pour un résultat de 16 018 cas confirmés : 27 % de cas positifs alors que le public est ciblé, voilà qui irait à l’encontre d’une maladie très infectieuse.

Sauf qu’un autre biais pourrait se cacher ici : la fiabilité des tests. Interpellés par ce pourcentage de 27 % de positifs, plusieurs médecins ont alerté sur Twitter : il faudrait parfois pratiquer jusqu’à trois tests sur un même patient pour avoir un résultat positif.

Mickaël Ohana, radiologue au CHU de Strasbourg, confirme. Chez ses patients qui arrivent avec un scanner clair indiquant un possible Covid-19 sur leurs poumons, il arrive dans 10 à 15 % des cas qu’il faille pratiquer trois tests PCR (pour réaction en chaîne par polymérase) de suite.

Le radiologue rappelle d’ailleurs qu’à la mi-février, les Chinois ont arrêté de ne se fier qu’aux tests et ont décidé de se fier directement aux scanners. Résultat : « En une journée, le nombre de cas a bondi de 15 000 malades supplémentaires », rappelle Mickaël Ohana (voir notre infographie ci-dessous).

D’après un médecin interrogé lundi par Mediapart, les tests qui sont pratiqués dans le nez – la majorité – ne seraient fiables qu’à 59 % désormais, ce qui fait qu’une grosse marge d’erreur existe. Ce médecin remettait par conséquent en doute l’intérêt de tests massifs dans ces conditions.

Trois limites peuvent expliquer la non-fiabilité des tests. D’abord, une limite humaine : il faut enfoncer une sorte de coton-tige de 7 cm dans la narine du patient, faire quelques allers-retours, puis ressortir.

Par ailleurs, dès la fin février, un « pré-papier » scientifique estimait que la sensibilité même des tests recommandés par l’Organisation mondiale de la santé était problématique. Enfin, il semble, selon certains retours, que la concentration virale puisse varier au cours de la maladie chez une même personne, particulièrement dans les voies nasales.

Le nombre de décès dus au Covid-19 n’est cependant guère plus parlant. Il a fallu attendre le 20 mars pour que, lors de son point presse quotidien ou sur son site web, la Direction générale de la santé indique que le chiffre annoncé chaque jour correspondait aux décès survenus dans les hôpitaux.

Mardi soir, précisant que « 85 % de ces décès surviennent chez des personnes de plus de 70 ans », Jérôme Salomon a en outre admis que « les décès à l’hôpital représentent probablement une faible part de la mortalité ».

Car depuis quelques jours, des chiffres alarmants remontent des Ehpad. Dans ces établissements pour personnes âgées, la règle était de tester au premier cas suspect, pour tenter d’éviter la propagation, mais de ne pas tester les malades suivants. Par ailleurs, dans nombre de régions, il semble avoir été décidé depuis quelques jours de ne plus transporter les malades graves des Ehpad vers les hôpitaux.

Prenons par exemple la Charente. Dans un article du 22 mars, le quotidien régional La Charente libreexplique ainsi qu’il n’y a officiellement que sept cas de coronavirus dans le département, tout en précisant que « les généralistes sont confrontés à une tout autre réalité ». Le département ne comptait ainsi qu’une seule personne officiellement décédée en raison du virus. Or, poursuit le quotidien, « d’autres décès ont pu être constatés à la Villa Bury à Angoulême ou à l’Ehpad Les Hyades à Rouillac ».

Un médecin généraliste exerçant à Paris témoignait par ailleurs la semaine passée avoir constaté des décès de personnes âgées à leur domicile. Tous ces chiffres ne remontent pas jusqu’à Santé publique France.

Selon Jérôme Salomon, cela est appelé à changer :

« Nous avons demandé à Santé publique France de mettre en place une surveillance spécifique des décès survenus en collectivités de personnes âgées, a affirmé jeudi le directeur général de la santé. Et en particulier un suivi quotidien de la mortalité dès lors qu’un Ehpad, par exemple, signale un cas suspect ou un décès. » Cette « remontée quotidienne des décès » sera « opérationnelle dans les prochains jours » et rendue publique.

Mais même les seuls chiffres des hôpitaux pourraient prêter à caution. Car, comme l’explique l’ARS d’Île- de-France, il est tout à fait possible que des personnes décédées en raison de symptômes liés au Covid-19 mais non testées soient comptées. Il pourrait y avoir donc surdéclaration d’un côté et sous-déclaration de l’autre.

En Italie, c’est la Protection civile qui annonce chaque jour le décompte macabre. On dénombrait le 24 mars 6 820 décès, mais, précise la Protection civile, « ce nombre ne pourra être confirmé qu’une fois que l’Institut supérieur de santé aura établi la cause réelle du décès ». Il semble donc qu’en Italie, les morts soient comptés comme victimes du Covid-19 par défaut.

À quel chiffre se fier dans ce cas ? « Le chiffre qui est important, c’est le nombre de patients hospitalisés et le nombre de patients qui passent en réanimation. Ça, ce sont deux chiffres tangibles et qui reflètent vraiment la sévérité de l’épidémie », expliquait mardi à la radio la professeure Karine Lacombe.

Un médecin généraliste exerçant à Paris témoignait par ailleurs la semaine passée avoir constaté des décès de personnes âgées à leur domicile. Tous ces chiffres ne remontent pas jusqu’à Santé publique France.

Selon Jérôme Salomon, cela est appelé à changer :

« Nous avons demandé à Santé publique France de mettre en place une surveillance spécifique des décès survenus en collectivités de personnes âgées, a affirmé jeudi le directeur général de la santé. Et en particulier un suivi quotidien de la mortalité dès lors qu’un Ehpad, par exemple, signale un cas suspect ou un décès. » Cette « remontée quotidienne des décès » sera « opérationnelle dans les prochains jours » et rendue publique.

Mais même les seuls chiffres des hôpitaux pourraient prêter à caution. Car, comme l’explique l’ARS d’Île- de-France, il est tout à fait possible que des personnes décédées en raison de symptômes liés au Covid-19 mais non testées soient comptées. Il pourrait y avoir donc surdéclaration d’un côté et sous-déclaration de l’autre.

En Italie, c’est la Protection civile qui annonce chaque jour le décompte macabre. On dénombrait le 24 mars 6 820 décès, mais, précise la Protection civile, « ce nombre ne pourra être confirmé qu’une fois que l’Institut supérieur de santé aura établi la cause réelle du décès ». Il semble donc qu’en Italie, les morts soient comptés comme victimes du Covid-19 par défaut.

À quel chiffre se fier dans ce cas ? « Le chiffre qui est important, c’est le nombre de patients hospitalisés et le nombre de patients qui passent en réanimation. Ça, ce sont deux chiffres tangibles et qui reflètent vraiment la sévérité de l’épidémie », expliquait mardi à la radio la professeure Karine Lacombe.

Il est certain que même si les Ehpad ne transfèrent plus de malades à l’hôpital, ce chiffre permet de prendre la mesure des tensions en cours au sein de l’hôpital public, et donc de l’ampleur de la crise sanitaire en cours.

Sauf que ce chiffre n’est rendu public que depuis le 20 mars dans les comptes-rendus quotidiens livrés par Santé publique France, et encore, pour les retrouver, il faut utiliser le service Wayback Machine – qui enregistre des clichés instantanés de pages web –, car les données journalières viennent remplacer celles de la veille, sur la même page.

Le gouvernement a cependant mis à disposition lundi soir les jeux de données remontés des hôpitaux depuis le 18 mars.

Entre le 18 et le 24 mars (voir nos infographies ci- dessous), le nombre des personnes hospitalisées est passé de 2 972 à 10 176, celui des personnes placées en réanimation de 771 à 2 516.

En calculant l’augmentation quotidienne de ces deux données, on s’aperçoit qu’elles sont fortement corrélées : la hausse moyenne des personnes hospitalisées entre le 18 et le 24 mars est de 23 %, quand celle des personnes admises en réanimation est de 22 %.

Ce nouveau jeu de données offre même une granularité territoriale par département. Jusqu’à présent, seules des données régionales étaient disponibles.

La hausse du nombre de cas détectés, en revanche, ne suit pas la tendance des hospitalisations, limitée qu’elle est par le nombre de tests effectués chaque jour. Le nombre de décès, lui, augmente plus vite sur les derniers jours. Ce qui est sans doute le plus inquiétant et montre que l’Hexagone est loin d’avoir encore atteint le pic…

Source : Mediapart, Cristophe Gueugneau, Donatien Huet, 25-03-2020

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1 réactions et commentaires

  • gilles // 05.04.2020 à 09h20

    J’ai le COVID-19 et vu la panique provoquée par cette maladie, les hôpitaux me paraissent, peut-être à tort, moins rassurant qu’il y a juste quelques semaines auparavant. Alors je lis et je découvre que le Zinc, en tant que nutriment à une action sur les maladies pulmonaires :
    https://fr.wikipedia.org/wiki/Zinc_(nutriment)#Zinc_et_pneumonie
    https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1001176
    Alors j’en prends raisonnablement une ampoule par jour, ainsi qu’un yaourt enrichi à la vitamine D.
    D’autre part, l’hygiène dentaire est essentielle pour lutter contre le COVID-19, certaines bactéries de la bouche de la famille des Prevotella peuvent être potentialisées par le coronavirus et devenir virulentes :
    https://osf.io/usztn/

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