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14.juin.202114.6.2021 // Les Crises

L’origine du SARS-CoV-2 : Partie 1 – Émergence d’une nouvelle espèce

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Source : Benhur Lee Lab

Naturellement, l’une des premières questions que nous nous posons lorsqu’une nouvelle maladie apparaît est « d’où vient-elle ? » Dans cet article, nous parlerons des origines du SARS-CoV-2 et de la façon dont il a probablement émergé dans la population humaine.

Chaque nouvel agent pathogène émergent est accompagné d’une théorie du complot sur son origine. Le SARS-CoV-2 n’est pas différent. Dans la première partie de cette courte série, nous parlerons des données sur l’émergence de ce virus dans la population humaine. Dans la deuxième partie, nous approfondirons un peu plus et discuterons des raisons pour lesquelles ce virus est si efficace pour infecter les humains. Et enfin, dans la troisième partie, nous aurons tous les éléments nécessaires pour discuter et démystifier les nombreuses théories conspirationnistes qui entourent le SARS-CoV-2.

La première question à laquelle nous devons tenter de répondre est la suivante : quelle est l’origine la plus probable du SARS-CoV-2 ? Pour répondre correctement à cette question, nous aurons besoin d’un peu de contexte.

Animaux et virus mutants

Graphique décrivant la transmission des maladies zoonotiques et la manière dont différents vecteurs peuvent propager la maladie (avec l’aimable autorisation de l’OMS).

On estime que 75 pourcent des agents pathogènes humains émergents sont d’origine zoonotique. Le terme « zoonotique » désigne les maladies qui se transmettent des animaux aux humains (voir l’image ci-dessus). Chaque animal possède ses propres micro-organismes – virus, bactéries, etc. – qui sont devenus capables d’infecter cet animal en particulier. Par exemple, le virus de l’immunodéficience simienne (SIVcpz) infecte fortement les chimpanzés. Cependant, il est très mauvais pour infecter les souris. Le SIVcpz a du mal à infecter les humains, mais les scientifiques pensent que le SIVcpz a été le précurseur du virus de l’immunodéficience humaine (VIH-1). Au gré des passages à d’autres espèces, SIVcpz a commencé à acquérir des mutations qui lui ont permis de bien se développer chez l’homme, jusqu’à devenir une espèce distincte de virus—le VIH. Ce processus de transmission zoonotique et de mutation est important pour comprendre les origines du SARS-CoV-2.

Les micro-organismes sont conçus pour les animaux qu’ils infectent. Cependant, il est important de se rappeler que, dans la nature, ces micro-organismes ne se conçoivent pas de manière anticipée. Au contraire, ils s’agrippent au hasard, faisant des billions de copies d’eux-mêmes avec de légères différences à chaque fois. La majorité de ces mutations n’aident pas du tout et certaines peuvent même avoir des effets néfastes, mais ils finissent par tomber sur quelque chose de vraiment génial, et cela leur permet d’être plus efficaces. Ce processus s’appelle la sélection naturelle. Les virus se reproduisent (c’est-à-dire qu’ils se multiplient) de manière rapide et négligée, en faisant des erreurs mais aussi en améliorant leurs chances d’acquérir une mutation avantageuse qui surpasse toutes les autres.

Sur l’image ci-dessus, nous voyons une population initiale de virus. Ils sont peu nombreux et peu diversifiés (ce qui est indiqué par leurs différentes couleurs). Mais à mesure que ces virus se reproduisent, ils commencent à faire des erreurs. Au fur et à mesure que la population s’accroît, nous constatons une augmentation de la diversité de la population de virus. Mais dans l’image suivante, il se produit quelque chose qui donne un avantage au virus orange (par exemple, il a sauté dans une nouvelle espèce). Dans ce scénario, le virus orange prend le dessus sur la population. Ce processus d’expansion et de sélection est vital pour l’évolution du virus.

La plupart d’entre nous ont déjà entendu parler de la sélection naturelle, mais il est important d’insister sur ce point. C’est à ce processus de mutation aléatoire, qui aboutit à des virus de plus en plus adaptés, que nous pensons lorsque nous essayons de déterminer l’origine d’un virus. Nous pouvons évaluer les informations qui sont contenues dans son génome à ARN, et chercher des indices sur son origine. Partout où un virus a été présent, sa signature est inscrite dans son histoire génétique.

Les premiers indices

Avant que les premiers cas de SARS-CoV-2 ne soient reconnus, il y avait 4 espèces de virus connues pour infecter les humains dans le genre Betacoronavirus (le même que le SARS-CoV-2 allait rejoindre). Les deux premiers, HKU1 et OC43, provoquent un simple rhume. Les deux autres, le SARS-CoV et le MERS-CoV, sont des virus extrêmement mortels qui ont provoqué de graves épidémies (mais pas de pandémie mondiale).

A gauche – les gros titres de 2003, lors de la première épidémie de SRAS. A droite – les gros titres de 2012, lorsque le MERS a fait son apparition. Les transmissions du MERS des chameaux et camélidés vers l’homme se poursuivent encore aujourd’hui.

Le 31 décembre 2019, le gouvernement chinois a signalé plusieurs cas de pneumonie virale dans la ville de Wuhan, en Chine. Beaucoup de ces cas étaient liés au marché de gros de fruits de mer de Huanan. La première crainte était que le SARS-CoV original soit de retour, ou peut-être qu’une nouvelle souche mortelle de grippe circulait. En une semaine, les scientifiques chinois avaient déjà soumis au monde entier la séquence génomique complète du virus. Nous avons appris qu’il ne s’agissait pas du SARS-CoV, mais d’un nouveau coronavirus initialement nommé nCoV-2019.

A ce moment, le monde savait 3 choses sur le virus :

  1. Il pouvait provoquer une pneumonie virale potentiellement mortelle

  2. Il était étroitement lié au SARS-CoV

  3. De nombreux cas, mais pas tous, étaient liés au marché de gros de fruits de mer de Huanan

Les recherches menées lors de l’épidémie initiale de SARS-CoV ont montré que le virus s’était probablement répandu chez l’homme à partir de Rhinolophes via un hôte intermédiaire, la civette masquée (photo de droite), avant de sauter sur l’homme. Les scientifiques ont donc émis l’hypothèse que le nCoV-2019 (aussi appelé SARS-CoV-2) s’est également répandu chez l’homme à partir des chauves-souris, peut-être en utilisant un hôte intermédiaire différent.

Bien que cette hypothèse soit prometteuse, nous avons encore besoin d’un moyen de la tester. Cela nous amène à la prochaine question importante : comment déterminer les origines d’un virus ?

Il s’agit d’une civette, l’hôte intermédiaire présumé entre les chauves-souris et les humains pour l’épidémie initiale de SRAS de 2003. Avec l’aimable autorisation de Kalyan Varma et de Wikimedia Commons.

Les outils d’un détective de virus

Identifier les origines d’un virus est un jeu passionnant de déduction holmésienne, de puzzles logiques et d’inférences. En tant que détectives de virus, nous commençons par rassembler autant de données et de preuves que possible. Malheureusement, il n’y a souvent pas de preuve irréfutable, et nous devons donc utiliser le raisonnement inductif pour arriver à des conclusions sur des événements que nous n’avons pas observés directement.

Ainsi, si nous ne pouvons pas observer un virus au moment où il est transmis à un humain pour la première fois, comment pouvons-nous voir d’où vient un virus ? Nous le soumettons au vieux traitement 23andMe et nous examinons son génome pour comprendre ses ancêtres.

N’oubliez pas que au fur-et-à mesure que ce virus fait des copies de lui-même, il peut faire des erreurs. Certaines de ces erreurs vont nuire au virus et les virus contenant ces erreurs vont échouer. Certaines de ces erreurs aident le virus et ces virus se développeront abondamment. Certaines de ces erreurs n’auront aucun effet sur le virus. Nous appelons ces mutations neutres et, par conséquent, tous les virus qui en sont les enfants contiennent désormais une mutation de signature indiquant leur parenté. Nous pouvons utiliser ces signatures pour construire un arbre généalogique.

Une illustration d’arbre phylogénétique, avec l’aimable autorisation de l’Académie Khan

Comme illustré ci-dessus, nous pouvons remonter jusqu’à l’ancêtre commun le plus probable en cartographiant les caractéristiques connexes ; dans ce cas, la queue (tail), les oreilles (ears) et les moustaches (whiskers). C’est ce que nous appelons un arbre phylogénétique. Pour les virus, nous procédons un peu différemment. Nous séquençons leur génome, la cartographie lettre par lettre de tout ce qu’ils font. Nous examinons ensuite la similitude de deux génomes en les plaçant l’un à côté de l’autre et en comparant chaque lettre à chaque endroit pour voir si c’est la même. Ce processus s’appelle l’alignement des séquences.

Quelle est l’origine du SARS-CoV-2 ?

Une fois le nCoV-2019 (désormais appelé SARS-CoV-2) isolé des patients et entièrement séquencé, les scientifiques ont aligné son génome sur celui d’autres espèces de coronavirus précédemment identifiées. Ils ont découvert que le virus le plus proche du SRAS-CoV-2 était un coronavirus provenant de chauves-souris. Plus précisément, le Bat CoV RaTG13 est un coronavirus que l’on trouve chez l’espèce de chauve-souris Rhinolophus affinis.

Maintenant, nous pouvons examiner où, dans le génome, les virus sont le plus et le moins similaires. Commençons donc par examiner une carte du génome du SARS-CoV-2.

Une représentation visuelle du génome du SARS-CoV-2, avec l’aimable autorisation de Biorender. Nous pouvons voir la structure 3D de la protéine de spike et nous mettons en évidence une région particulière appelée domaine de liaison du récepteur (RBD). Il est montré lié à la protéine de surface humaine, ACE2.

Gardez la carte ci-dessus à l’esprit lorsque vous regardez ce qui suit :

En regardant le graphique ci-dessus, la ligne bleue (Bat CoV RaTG13) ressort. Il s’agit d’un coronavirus de chauve-souris, et vous pouvez voir qu’il a constamment une identité nucléotidique de 90 à 100 % (sur l’axe des y). Cela signifie que lorsque vous alignez ce Bat CoV RaTG13 avec le nouveau SARS-CoV-2 et que vous regardez le long du génome en comparant la séquence, ils sont très similaires à la plupart des endroits. En comparaison, le SARS-CoV original (CoV-SARS BJ01 en rouge) présente une similarité de 50 à 80 % par rapport au SARS-CoV-2 ; bien qu’il soit encore assez proche, il n’est pas aussi proche que le Bat CoV RaTG13.

Mais si vous regardez à nouveau attentivement la carte de similarité des nucléotides, vous remarquerez peut-être quelque chose de drôle. Il y a une forte baisse de la similarité de tous les virus de la région qui codent pour la protéine spike (autour de la position du nucléotide 23 000). Ce signal est le moins prononcé pour Bat CoV RaTG13, mais c’est quand même la chute la plus forte par rapport à d’autres parties du génome.

La protéine spike à la surface des coronavirus est la raison pour laquelle ces virus ont cette apparence. Voici une image des virions du SARS-CoV-2. Ces petits pics qui dépassent du virion forment une « couronne » semblable à celle du soleil et sont composés de la protéine spike. Cette protéine permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines. Elle agit comme une clé qui ne fonctionne que sur des serrures spécifiques. La serrure est une protéine que l’on trouve à la surface de nombreuses cellules de notre corps, y compris celles des poumons. Cette protéine est appelée ACE2.

Image 1 : Micrographie à transmission électronique de particules du virus SARS-CoV-2, isolées d’un patient. Image capturée et colorée au centre de recherche intégré (IRF) du NIAID à Fort Detrick, Maryland. Crédit : NIAID

Étant donné l’importance de la protéine spike pour les coronavirus, les différences de séquence entre RaTG13 et SARS-CoV-2 dans la région du de la protéine spike du génome sont critiques. Heureusement, un autre laboratoire a trouvé le seul virus ayant une séquence similaire à celle du SARS-CoV-2 dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) du spike. Il est intéressant de noter que ce virus provenait de pangolins malais.

Firdia Lisnawati: AP Photo; image d’un pangolin malais

Ci-dessous, se trouve un autre graphique de similarité des nucléotides. Mais cette fois, le haut du graphique n’indique pas de similarité avec le SARS-CoV-2, mais plutôt une similarité avec un coronavirus trouvé dans les pangolins malaisiens. Les deux virus sur lesquels il faut se concentrer sont le SARS-CoV-2 en rouge et le Bat CoV RaTG13 en vert.

Comme on pouvait s’y attendre, les lignes rouges et le vertes se suivent, jusqu’à ce que soudainement, elles divergent. C’est dans la région orangequ’ils divergent et c’est là que le SARS-CoV-2 est le plus similaire au coronavirus que l’on trouve dans un pangolin malais. Il est important de noter que la région orange est la RBD (appelée ici le motif de liaison du récepteur) cruciale dans la protéine spike.

Figure modifiée d’après Xiao et al. 2020 https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335

Que signifie tout cela ? Nous avons maintenant une hypothèse pour l’espèce intermédiaire entre l’homme et la chauve-souris … le pangolin !

Si vous vous souvenez, pour le SARS-CoV, l’espèce intermédiaire était la civette masquée. Pour le SARS-CoV-2, ce pourrait être le “ fourlimier écailleux”, un mammifère avec des écailles kératineuses, alias le Pangolin malais ou Pangolin javanais. Il est important de noter que le coronavirus du pangolin n’a pas une grande similarité sur l’ensemble du génome du SARS-CoV-2, mais seulement sur une région de la protéine spike appelée RBD (Receptor Binding Domain). Cela suggère qu’une recombinaison virale a pu avoir lieu, où un morceau du coronavirus pangolin a été transféré dans un coronavirus de chauve-souris, ce qui a donné un tout nouveau virus.

Qu’est-ce que la recombinaison et comment se produit-elle?

Les coronavirus peuvent subir un processus appelé « recombinaison homologue » (Lai et al. 1990 et Lai et al. 1997). Imaginons que deux souches de virus différentes, mais apparentées, entrent dans la même cellule au même moment. Appelons-les A et B. Il est possible que lorsque A commence à faire des copies de lui-même, dans une petite partie de son génome, il puisse accidentellement copier dans la région homologue, ou similaire, du virus B ! C’est comme si une personne utilisait une photocopieuse et qu’une deuxième personne échangeait un de ses feuilles de papier en plein milieu de la pile et que le tout était agrafé. Dans notre cas, le virus qui sort est presque identique au virus A original, mais il a une petite section qui semble identique au virus B. C’est peut-être ce qui s’est passé pour le SARS-CoV-2. La plus grande partie ressemble à un coronavirus de chauve-souris, à l’exception de la petite région RBD de la protéine spike où elle ressemble au coronavirus pangolin.

Notre hypothèse jusqu’à présent :

En utilisant des alignements de séquences qui comparent de nombreux génomes de virus les uns par rapport aux autres, nous avons une idée de l’origine du SARS-CoV-2. Il est probable que la plupart du SARS-CoV-2 proviennent d’un coronavirus de chauve-souris apparenté au RaTG13, mais qu’il a capté une partie de sa protéine spike lors d’une interaction avec un autre coronavirus chez un hôte intermédiaire. Notre principal suspect actuel ? Un pangolin. Il est possible que le nouveau coronavirus se soit passé par les chauves-souris et les pangolins avant de rejoindre les humains. Cependant, nous n’avons pas encore trouvé de preuve irréfutable. Les scientifiques doivent encore isoler un virus intact dans les pangolins qui contient tous ces morceaux ensemble – nous n’avons que des indices de la séquence SARS-CoV-2. Il est possible que notre hypothèse actuelle soit erronée. Cependant, au fur-et-à mesure que d’autres virus seront séquencés et que des données seront recueillies, nous pourrons reconstituer une histoire plus précise de l’émergence du SARS-CoV-2.

Nous espérons que vous avez apprécié ce premier article sur les origines potentielles du SARS-CoV-2. Dans notre prochain article, nous verrons comment des composants spécifiques du SARS-CoV-2 rendent ce virus si efficace pour infecter les humains. Restez à l’écoute et lavez-vous les mains !

Traduit en Français par Sébastien J. Puechmaille à partir de l’original de @csstevens91

Sébastien Puechmaille est Enseignant-Chercheur à l’Université de Montpellier où ses recherches se concentrent sur l’étude des chauves-souris et de leurs pathogènes (y compris les coronavirus).

http://batlab.ucd.ie/~spuechmaille/

Twitter: @Bats_Chiroptera & @SJPuechmaille

Christian Stevens

Christian, qui a obtenu sa licence au Harvey Mudd College (USA), est un étudiant en doctorat à l’école de médecine de Mount Sinai (USA).

Il a rejoint le laboratoire de Lee Benhur en 2018 et a depuis travaillé sur deux projets principaux. Le premier fait appel au génie sur des virus pour explorer l’utilisation du virus Sendai comme vecteur viral pour fournir des outils d’édition de gènes. Le second a impliqué un travail informatique de construction de pipelines pour l’analyse en utilisant à la fois le séquençage Illumina et le séquençage direct de l’ARN d’Oxford Nanopore. Les principaux intérêts de Christian ont été d’orienter la recherche clinique de classe mondiale vers les patients les plus marginalisés, en particulier dans les domaines des maladies infectieuses et de la virologie.

christian.stevens@icahn.mssm.edu

Twitter: @csstevens91

Source : Benhur Lee Lab, 30-03-2021

 

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Commentaire recommandé

Jean-Do // 14.06.2021 à 07h39

Comme d’habitude avec Les-Crises, un article apaisé et scientifique pour faire poids face aux hurlements désordonnés de la presse-système. Et on se demande pourquoi les ventes de journaux sont en chute libre alors que les lecteurs des Crises sont toujours plus nombreux.

39 réactions et commentaires

  • Davout // 14.06.2021 à 07h32

    Hyper intéressant.
    Ce que j’en retiens surtout c’est à quel point la science est une technique extrêmement prudente et humble.
    Dommage qu’en son sein, des légions d’opportunistes, de carriéristes, de médiocres se dévoyant vers l’administratif, la politique ou le bizness, de psychotiques, de melons enflés, transforme cette longue marche tatonnante du doute vers une hypothétique vérité toujours susceptible d’évoluer en déclarations fraccassantes péremptoires et definitives.
    Quitte à affirmer exactement le contraire un an plus tard.
    Comme le disait déjà Spinoza, les clericatures et bigots tuent les religions. Elles tuent Dieu.
    La science n’échappe pas à la règle.
    Merci aux Crises de nous rappeler qu’un scientifique n’est pas forcément une grande gueule, un politicard imbu ou une girouette politique.

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    • Patrick // 14.06.2021 à 14h44

      après un an , je dois dire que je n’ai toujours pas de certitudes à propos du virus mais en ce qui concerne la presse et les politiciens en général je n’ai plus de doutes 🙂

        +5

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  • Olivier // 14.06.2021 à 07h34

    Très intéressant.
    Maintenant j’ai une question. Tout en écartant les possibles raisons de vouloir faire des manipulations.
    Avons-nous la technologie pour transférer au virus de la chauve-souris la protéine spike du virus du pangolin ?
    Merci par avance

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    • LibEgaFra // 14.06.2021 à 08h04

      Réponse: oui depuis la découverte française (cocorico) les ciseaux à ADN et à ARN. Toutes les manipulations deviennent possibles.

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    • Koshyl4 // 14.06.2021 à 15h14

      Pour transformer le virus, le plus simple est de partir d’un virus connu comme le SARS-Cov1, étudié depuis 20 ans. Et non pas depuis un virus inconnu comme le SARS-Cov2.
      Hors on sait par analyse génétique que le SARS-Cov-2 n’est pas issu d’une manipulation du SARS-Cov-1.
      C’est une des raisons pour lesquelles l’hypothèse d’un virus SARS-Cov-2 artificiellement augmenté par des manipulations en laboratoire n’est pas très probable.

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      • Olivier // 14.06.2021 à 16h48

        Que sars-cov 1 n’a rien à voir avec sars-cov 2, cela ne prouve rien quant à l’impossibilité de pouvoir mettre du spike dans le virus de la chauve-souris (Bat CoV RaTG13)
        De plus si les scientifiques sont capables de dire que sars-cov 2 est très proche de Bat CoV RaTG13 (sauf pour le spike) cela veut dire qu’ils connaissent le Bat CoV RaTG13 et donc qu’ils travaillent avec.

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        • Koshyl4 // 14.06.2021 à 18h58

          Le Coronavirus de chauve-souris RaTG13 lié au SRAS a été découvert dans des grottes en 2013.
          Le SARS-Cov 1 a été découvert 13 ans plus tôt et étudié autant d’années en plus.
          Ce qui en fait un candidat aux manipulations génétiques bien plus probable que RaTG13.
          Pourtant les analyses démontrent que non, SarsCov2 ne provient pas d’un virus de Sars-Cov-1 qui aurait été modifié.
          On peut donc en conclure que la probabilité d’une manipulation génétique par les humains du SARS-Cov2 est peu probable.
          Vous pouvez relire l’interview du virologue allemand Christian Drosten si vous ne comprenez pas mes explications :
          https://www.les-crises.fr/sars-cov-2-d-ou-vient-ce-virus-interview-du-virologue-christian-drosten/

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          • Olivier // 14.06.2021 à 19h25

            Je comprends très bien vos explications. Mais votre argument n’est pas suffisants pour pouvoir dire que des scientifiques n’ont pas utilisé le RaTG13.
            Vous n’êtes pas dans la tête de tous les scientifiques.
            Un autre type d’explication mais qui n’est pas probant est le raisonnement suivant :
            Combien de marché aux poissons/pangolin y a t’il en Chine ? Des milliers.
            Combien se trouvent près d’un laboratoire de haute sécurité ? Un seul. Et il se trouve près de Wuhan. Cela n’est pas suffisant pour émettre un jugement, mais ce n’est pas anodin quand même.

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            • VVR // 15.06.2021 à 09h14

              Le problème avec ce marché, c’est qu’il concerne un grande partie des cas de fin décembre / début janvier; mais que les cas qui précèdent, découverts à posteriori, n’ont aucun rapport avec lui. Le plus probable est qu’il a jouer un rôle de diffusion important, et peut être même de réservoir, mais n’est pas l’origine du virus. Ce qui rend la proximité avec un laboratoire anecdotique.

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            • RGT // 15.06.2021 à 10h38

              Le fait d’avoir les outils permettant d’insérer un gène particulier dans un chromosome ne permet pas de prédire si cette insertion permettra d’atteindre le résultat escompté.

              N’oublions jamais qu’un gène présent dans un chromosome ne peut être correctement lu et interprété que s’il respecte de très nombreuses conditions, entre autres qu’il soit inséré au bon endroit ET surtout qu’il soit précédé de séquences NON CODANTES (inconnues) qui permettent son activation au bon moment.
              Il s’agit simplement d’un système de protection qui permet d’éviter qu’une mutation « délirante » (qui arrive au hasard comme toute mutation qui se respecte) puisse se propager.

              Actuellement les humains peuvent insérer ou changer un gène particulier dans un génome (ça fonctionne parfois avec des gènes mutés qui deviennent inactifs) mais avec des résultats plus qu’aléatoires et il est nécessaire de procéder à de très nombreux essais (en modifiant aussi les gènes permettant d’activer le gène modifié) très coûteux avant d’obtenir le résultat escompté

              Par contre, dans la « vraie vie », il y a une pléthore de mutations naturelles, dont l’immense majorité sera inactive (voire même nuisible à l’organisme qui porte cette mutation) mais au bout d’un certain temps et des millions de mutations infructueuses une nouvelle mutation apportera un résultat « intéressant » (pour celui qui la porte).

              Si on souhaite modifier un virus en labo, il faudra dépenser des sommes colossales en essais divers et variés avant d’obtenir un résultat probant.

              Ce qui ne pose aucun problème en milieu naturel.

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            • Olivier // 15.06.2021 à 11h08

              Effectivement,
              Je pense qu’il faut raisonner en termes de temps et d´espace et avec des scénarios, puisque nous ne sommes pas dans les têtes de ceux qui prennent des décisions ou qui les exécutent.
              Le virus peut-être soit d´origine naturelle ou humaine.
              Si nous pensons qu´il est d´origine naturelle, le fait qu´il y ait eu des cas avant ceux du marché de Wuhan, et selon l´argumentaire de VVR, invalide la thèse du Pangolin du marché. Donc quizz de son origine ?
              Maintenant si on pense qu´il est d´origine humaine, il y a 2 possibilités un accident ou un fait intentionnel.

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            • Olivier // 15.06.2021 à 11h09

              Si on pense que la propagation est accidentelle, le fait que cette dernière se soit faite proche du laboratoire (dans la ville de Wuhan, d´abord à l´extérieur du marché puis dans ce dernier et enfin dans le fameux ROW) possède quand même une certaine logique.
              Maintenant si on pense qu´il est d´origine humaine avec une propagation intentionnelle, alors là, c´est une autre paire de manche. C´est là où l´espace intervient, car si la propagation est intentionnelle, le virus peut très bien être sorti d´un autre laboratoire et acheminé à Wuhan ou sorti du laboratoire de Wuhan (cela reste quand même difficile à appréhender car cela signifie quand même un acte de guerre bactério.. euh virologique). De toute manière si on pense que le virus est une modification humaine avec propagation intentionnelle, l´arbre des possibilités devient exponentiel… le nombre de scénarios possibles devient important.
              Maintenant quant à savoir si nos scientifiques sont capables de mettre du spike sur Ratg13 et qu´il soit viable. Je pense que oui. Ils sont capables en très peu de semaines de mettre du spike dans un « vaccin ARNm ». Et si on inverse le raisonnement de probabilité, peut-être qu´ils ont essayé de le faire sur des centaines de virus et que le Ratg13 était un des résultats positifs. Mais nous ne connaissons pas l´ensemble des échecs qu´ils ont connus.
              Pour moi, la thèse de la modification humaine dans un laboratoire doit quand même être considérée.

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      • moshedayan // 15.06.2021 à 08h02

        Vous vous avancez vraiment. Koshy14
        Il y a des manipulations artificielles , des croisements génétiques naturels, des développements de multiplications génétiques… Je vous laisse bien dans cette soupe génétique… (pour y trouver une réponse ???)
        Peut-être que les Chinois se marrent bien discrètement de voir tous ces débats en Occident….
        Ma conviction vous n’êtes pas « sorti de l’auberge » avec toutes vos approches le site en premier …. A l’automne, avec cette façon d’être, sûr et certain que certains trouveront la 4e puis la 5e vague etc etc…
        Bonne journée…. la Chine se marre….

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        • Koshyl4 // 15.06.2021 à 15h48

          Début 2020, « les chinois » n’ont tout simplement pas compris pas compris le laxisme de l’Europe face à la pandémie naissante.
          La plupart ne se marrent pas mais compatissent aux difficultés économiques et sanitaires que les européens traversent aujourd’hui.

          Contrairement à ce qu’on peut parfois imaginer, il est surprenant de constater que les chinois aiment les occidentaux, au point parfois de vouloir adopter leur mode de vie, leurs mœurs, connaître leur littérature, leur cinéma, leurs arts. Et ceux qui le peuvent envoient leurs enfants faire une partie de leurs études en occident.

          Quant au gouvernement chinois je ne pense pas qu’il se marre lui non plus, mais il profite simplement de la fenêtre qu’on lui a grande ouverte pour conforter la position économique et diplomatique de son pays. Comme n’importe quel autre gouvernement le ferait à sa place.

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          • moshedayan // 16.06.2021 à 12h23

            Il est surprenant de constater que les Chinois aiment les Occidentaux….
            je préfèrerai voir écrit que « certains Chinois…. »
            la Guerre de l’Opium…etc etc…
            La Chine profonde ni agressivité ni empathie tout au mieux une indifférence…
            je laisse aux convaincus leurs convictions -la mienne il n’y a pas de pays « amis » mais des pays intéressés ou pas avec des intérêts compatibles (je ne crois même pas à la notion d’intérêts convergents). Donc la Chine n’a pour l’instant aucun intérêt compatible avec la persistance d’une domination occidentale (tout simplement parce que cela signifie le maintien de la domination américaine – mer du Japon, Asie du Sud etc etc…) Tout le reste diplomatie de paquerettes, et le Chinois provincial en a plus ou mal conscience … donc il se marre un peu…

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  • Jean-Do // 14.06.2021 à 07h39

    Comme d’habitude avec Les-Crises, un article apaisé et scientifique pour faire poids face aux hurlements désordonnés de la presse-système. Et on se demande pourquoi les ventes de journaux sont en chute libre alors que les lecteurs des Crises sont toujours plus nombreux.

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    • David D // 14.06.2021 à 13h21

      Heu ? Cet article n’est précédé d’aucun mot d’introduction. Il s’agit d’une traduction et le document daterait du 30 mars 2021, il est antérieur donc au Faucigate ou je ne sais pas comment appeler ça. Cet article n’adopte nullement une démarche hypothético-déductive, mais il développe une simple hypothèse. En plus, l’enquête sur les génomes demande des tas de prudences méthodologiques, puisque le virus a évolué pendant l’épidémie, puisqu’il faut être sûr quand des résultats sont donnés qu’ils sont faits avec les bons génomes sources. En plus, pour rappel, il faudrait déjà savoir si dans les études de gains de fonction, les animaux ne sont pas utilisés justement : pangolins ici, ou pour prendre l’hypothèse concurrente plus courante visons, civettes et compagnie. Car, en réalité, il me semble que même l’hypothèse d’un virus de vison ou civette n’est pas incompatible avec une fuite de laboratoire étudiant les gains de fonction. De toute façon, la présente covid-19 est liée à une fonction idéale pour contaminer l’être humain, ce qui double la coïncidence d’un confinement commencé à Wuhan. Il sera difficile de sortir de ce cadre-là de double coïncidence.
      Je ne comprends pas pourquoi vous parlez d’un « article apaisé et scientifique », et je ne vois pas non plus écrit quelque part que le site Les Crises prend ce qui est dit dans cet article pour argent comptant. C’est un article proposé à la lecture, histoire de s’informer sur une variété de points de vue.

      Deux liens complémentaires.

      https://www.youtube.com/watch?v=QVOGEHKpYxA

      https://www.youtube.com/watch?v=-_NNTVJzqtY&t=795s

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      • Patrick // 14.06.2021 à 14h48

        L’origine animale du machin n’est en aucune façon en contradiction avec l’hypothèse d’une erreur d’un laboratoire travaillant sur le virus :  » Marcel !! elles sont où les chauve-souris ?? – ah m.. les chauves-souris !!! « .
        Et rien n’exclut que le virus issu de la chauve-souris ait été un peu bricolé au passage , puisque nous avons appris qu’il existait des « gains de fonctions » sur ces virus.

        Donc .. une hypothèse qui n’exclut pas les autres.

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    • Tarkovsk // 18.06.2021 à 09h25

      Tout à fait d’accord.
      Enfin un article qui énonce clairement que ce qu’il défend n’est qu’une hypothèse sans preuve.
      Au moins une certaine forme d’honnêteté intellectuelle comparées à d’autres qui vont affirmer quelque chose sans preuve…

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  • LibEgaFra // 14.06.2021 à 07h51

    Ah l’histoire des amours illégitimes entre une chauve-souris et un pangolin.

    Ou le pangolin, le retour.

    En attendant il faudra m’expliquer cette information des service yankees avertissant en novembre 2019 de l’imminence d’une épidémie qui allait frapper l’Asie du sud-est et demandant à leurs bases militaires de la région de prendre des précautions. Information vite démentie, mais hélas pour eux confirmée par les israéliens à qui l’information avait été aussi transmise.

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    • Hippocampe // 14.06.2021 à 12h15

      L’invention du pangolin, déjà maintes fois démontée ici, n’a été promue que pour combler le trou géographique immense entre les caves du Yunnan où sont ces pauvres chauve-souris et Wuhan à 1500kms. Ce qu’on attend du pangolin, ce ne sont pas les évolutions biologiques (on peut toujours magouiller des explications sur les gènes. Ne nous rabache-ton pas que l’homme, par ses gènes, ne diffère du chimpanzé qu’à 2%! Les proximités génétiques ne valent que les contorsions qu’on peut faire avec), mais les kilomètres. C’est absurde. Je connais bien Wuhan et ses marchés, je n’y ai jamais vu le moindre pangolin randonneur

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      • VVR // 14.06.2021 à 13h10

        L’invention du pangolin, c’est avant tout une invention de journalistes qui aiment bien les reponses simples quand elle permettent de stigmatiser les chinois pour leurs moeurs de barbares. Avouez: virus proche de celui du pangolin, un marché aux animaux en Chine, c’est tellement « évident » quand on 10 minutes pour écrire un article choc.

        Si le pangolin est effectivement porteur d’une variante, c’est bien la variante de la chauve souris qui est la plus proche dans le cas présent. Et si la chauve souris porteuse (un seul individu) à bien été prélevé au Yunnan, l’espéce peut être trouvée du Nepal a Shangai.

        Comme l’on sais qu’une variante humaine du virus circule a bas bruit depuis au moins novembre 2019, le lieu initial du passage a l’homme a put se faire n’importe où, a même très bien put faire un bon inter espèce supplémentaire, mais non détecté, entre l’homme et la chauve-souris.

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  • LibEgaFra // 14.06.2021 à 08h21

    « De nombreux cas, mais pas tous, étaient liés au marché de gros de fruits de mer de Huanan »

    De nombreux cas, mais pas tous, étaient liés aux jeux militaires de Wuhan. Demandez aux participants français.

    Ah zut on leur a ordonné de se taire.

    https://www.leparisien.fr/international/covid-19-des-athletes-francais-contamines-a-wuhan-en-octobre-05-05-2020-8311221.php

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    • Ribouldingue // 14.06.2021 à 13h04

      On voit pas bien pourquoi les suédois mentiraient quand ils disent qu’aucun des malades testés n’avaient ce virus.
      C’est bien de citer des articles mais il ne faut pas hésiter à les lire jusqu’au bout. En quoi toute maladie dans cette époque est obligatoirement liée? Ce sont des raccourcis des boites à cancans que sont devenus les médias nationaux, cela ne repose que sur des ont dit du type  » je pense que vous l’avez eu parce qu’il y a beaucoup de gens de cette délégation qui ont été malades » bonjour la rigueur scientifique. On est content qu’il pense, mais si il avait des éléments probants cela rendrait l’article intéressant, ce qu’il n’est pas, ce sont juste des ragots qui ne reposent sur rien de concret.

        +4

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      • LibEgaFra // 14.06.2021 à 18h00

        Et les militaires français, ils ont été testés? Réponse: non.

        Et les militaires suédois, testés pour quoi six mois après?

        Et c’est connu, les militaires ne mentent jamais. Surtout s’ils sont membres de l’otan.

        Beaucoup de militaires ont été malades, mais tout le monde nie qu’il s’agissait déjà du covid.

        https://www.lematin.ch/story/des-athletes-infectes-a-wuhan-en-octobre-deja-990586772177

        En attendant, il faudra m’expliquer comment les yankees savaient avant tout le monde. Cf. mon commentaire de 7h51.

        Question subsidiaire: quel pays a le plus de labos notamment militaires où on « étudie » ces si amicaux microbes?

        https://armswatch.com

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        • LibEgaFra // 14.06.2021 à 18h09

          Voilà qui devrait intéresser ceux qui pensent qu’il y a virus sous roche:

          https://armswatch.com/project-g-2101-pentagon-biolab-discovered-mers-and-sars-like-coronaviruses-in-bats/

          Voilà donc des gugusses qui recherchent des coronavirus un peu partout depuis plusieurs années. On se demande bien pourquoi.

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        • LibEgaFra // 16.06.2021 à 20h59

          Et on apprend aujourd’hui, Franceinter, oui oui tout arrive, que le virus était déjà présent aux USA en décembre. Encore un effort et on en trouvera en novembre, en octobre, en septembre…

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  • Avunimes // 14.06.2021 à 08h53

    Comme ma première mission en tant qu’architecte était de suivre un chantier d’un centre de recherche biologique en région parisienne. La première chose qui m’a surpris était le manque d’étanchéité entre les salles où étaient enfermés les animaux (pièce recouverte de PVC avec des joints plus ou moins biens soudés. Bref, le petit article ci-dessus pour dédouaner les laboratoires de recherches peut en rassurer certains, en particulier les laboratoires.

      +5

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    • VVR // 14.06.2021 à 10h24

      L’étanchéité totale est pratiquement impossible a grande échelle, en particulier si il y a des échanges entre les pièces (passage d’homme et de matériel).

      La sécurité est assurée de la même façon que la protection NBC dans les véhicules militaires: en maintenant une surpression des milieux sains par rapport aux milieux contaminants, forçant ainsi le sens de la fuite du sain vers le contaminé. Il n’y a alors qu’a décontaminer l’air extrait des pièces a risque, ce qui au passage génère une dépression, exactement ce que l’on recherche.

      Et ceci n’est valables que pour les P3 minimum, seuls habilités a travailler sur des virus a propagation aérosol.

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  • MDacier // 14.06.2021 à 10h39

    « démystifier les nombreuses théories conspirationnistes qui entourent le SARS-CoV-2 ».

    Bonne idée.
    Ça permettrait de classer cette info de Le Monde de mai 2021 comme une Fake news pour le Decodex
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/05/14/origines-du-covid-19-la-divulgation-de-travaux-inedits-menes-depuis-2014-a-l-institut-de-virologie-de-wuhan-alimente-le-trouble_6080154_3244.html

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    • Patrick // 14.06.2021 à 14h55

      ah !! les décodeurs de Monde , si ils n’existaient pas il faudrait les inventer

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  • Pascalcs // 14.06.2021 à 11h46

    « Chaque nouvel agent pathogène émergent est accompagné d’une théorie du complot sur son origine. Le SARS-CoV-2 n’est pas différent. »

    Je regrette que la lecture d’un article sans doute intéressant, s’arrête en ce qui me concerne, à l’introduction reprise ci-dessus. Je ne supporte plus ces méthodes de dénigrement qui, d’entrée, plantent le décor et, de fait décrédibilisent les auteurs. Dommage.

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  • Macarel // 14.06.2021 à 17h44

    Pour ceux/celles qui veulent suivre où en sont les investigations sur l’hypothèse de l’accident de laboratoire :

    https://drasticresearch.org/the-team/

    https://twitter.com/DecrolyE/status/1400065034303180809

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  • Paul // 15.06.2021 à 08h25

    « Il a rejoint le laboratoire de Lee Benhur en 2018 et a depuis travaillé sur deux projets principaux. Le premier fait appel au génie sur des virus pour explorer l’utilisation du virus Sendai comme vecteur viral pour fournir des outils d’édition de gènes. Le second a impliqué un travail informatique de construction de pipelines pour l’analyse en utilisant à la fois le séquençage Illumina et le séquençage direct de l’ARN d’Oxford Nanopore. »

    il est ainsi, comme d’autres, les apprentis sorciers ? pompiers/pyro ?
    comme pour d’autres truc, on n’aura jamais la certitude
    Ce qui est certain, c’est que l’éthique et la morale sont bafouées tous les jours

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    • Patrick // 15.06.2021 à 08h42

      « l’éthique et la morale » .. oui bon , il faut bien payer les études des gosses et les traites de la maison , un scientifique ou un médecin ça a aussi ses petites contraintes matérielles.

        +1

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  • paulo // 15.06.2021 à 11h50

    Il suffit d’aller sur le site du lab d’où provient ce sympathique article pour se faire une petite idée des travaux en cours : on est en plein développement d’outils de bioengineering par un lab privé , ce qui veut dire à terme recherche de profit , point.
    Cet opus est à mettre sur le compte de la contre campagne médiatique qui va aller s’amplifiant concernant l’origine du Sars Cov 2 et qui peut se résumer ainsi : accidents de labo , manips frankensteiniennes , soupçons de mise au point d’armes biologiques virales ? Circulez , il n’y a rien à voir . Il ne faudrait pas que le bon peuple s’inquiète de ce qui se trame dans ces labos , c’est mauvais pour le moral et la consommation .

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  • Manuman // 17.06.2021 à 12h26

    Sans être spécialiste,
    il semblerait que sans intervention humaine, il suffisait que ces chauves-souris spécifiques et ces pangolins spécifiques (même pas chinois d’ailleurs) puissent se rencontrer un minimum pour suivre l’hypothèse de l’article non??
    Se pose tout de même la question si l’être humain n’est pas le meilleur entremetteur possible entre ces individus que peut-être rien ne pousse naturellement à se rencontrer??
    Autrement dit, la combinaison d’éléments naturels déjà présents, et la mauvaise manipulation, ne s’excluent pas par nature…. wait and see….j’attends la suite.

      +0

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