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22.août.202022.8.2020 // Les Crises

Chris Toumazou : l’homme derrière le nouveau test Covid de 90 minutes

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Source : The Telegraph, Victoria Lambert
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises

Les tests demandent actuellement 24 heures de traitement, et deux sur dix reviennent avec un « faux négatif ». Une nouvelle technologie révolutionnaire pourrait changer cela.

Le professeur Chris Toumazou considère les premières étapes du confinement comme étant de loin la période la plus « intense et surréaliste » de sa vie. Bio-ingénieur très respecté à l’Imperial College de Londres, il a passé la plupart de ses heures d’éveil fin février et en mars dans les services Covid de l’hôpital. Son objectif était de produire un test sûr et efficace pour la Covid-19 qui transformerait l’approche britannique du virus en donnant un résultat en quelques heures, plutôt qu’en quelques jours. Son travail l’a empêché de rendre visite à sa famille, qui vit en Australie, pendant des mois ; il a même dû manquer le dixième anniversaire de sa fille (elle a des difficultés d’apprentissage et « je lui ai beaucoup manqué », dit-il).

Mais les efforts du professeur Toumazou ont finalement porté leurs fruits cette semaine, lorsque le gouvernement a passé une commande de 5,8 millions de ses kits de tests rapides Covid-19, à hauteur de 161 millions de livres sterling. Les ministres pensent que les nouveaux tests vont révolutionner leur réponse au virus en donnant un résultat en 90 minutes seulement, en évitant le danger d’un nouveau confinement national en leur permettant de tester des villes entières pour contenir les épidémies locales, et en isolant rapidement les personnes atteintes du virus.

Jusqu’à présent, les tests devaient être envoyés aux laboratoires, souvent par la poste, où ils nécessitaient au minimum quatre heures de traitement. Selon les experts, un délai de 24 heures est considéré comme la « norme d’or ». Mais le test du professeur Toumazou, ainsi qu’un autre test fourni par Oxford Nanopore, basée dans l’Oxfordshire, peuvent être traités sur place dans des machines portables, pour un coût de 20 livres sterling seulement par kit. Ils seront probablement utilisés pour contrôler les voyageurs dans les aéroports, et les enseignants seront testés au hasard pour déterminer si la réouverture des écoles en septembre a un effet sur les taux de transmission.

Les tests peuvent détecter la grippe aussi bien que le syndrome Covid, ce qui signifie que les personnes présentant des symptômes de type Covid sauront si elles souffrent d’une grippe banale et pourront éviter de s’isoler. Le test fait suite à un essai pilote réussi des tests de 90 minutes à Southampton.

« Je suis enthousiaste parce que j’ai toujours été passionné par l’idée d’essayer de mettre ce genre de technologies de test à la portée du consommateur », déclare le professeur Toumazou, qui veut « démystifier » le processus de test et dissiper l’idée qu’un test Covid ne peut être effectué que par un scientifique en blouse blanche dans un laboratoire lointain. « C’est une excellente nouvelle quand vous voyez une sage-femme faire un test, ou une infirmière ou un chirurgien, [plutôt qu]’un assistant de laboratoire ».

Le kit de 90 minutes du professeur Toumazou utilise un type de technologie PCR (réaction en chaîne de la polymérase) qui recherche l’ARN du virus. Chaque cellule vivante contient à la fois de l’ADN et de l’ARN : l’ADN fournit le code pour les activités de la cellule, tandis que l’ARN convertit ce code en protéines pour effectuer les fonctions cellulaires. Les coronavirus possèdent de grandes quantités d’ARN facilement identifiables.

C’est une technologie que le professeur Toumazou a perfectionnée pendant une grande partie de sa carrière. Né de parents chypriotes grecs, il pensait qu’il finirait par diriger un restaurant grec après avoir quitté l’école sans diplôme. Mais il a toujours été fasciné par les grands inventeurs de l’histoire, et a cherché à obtenir un certificat de technicien, puis un diplôme d’ingénieur de l’Oxford Polytechnic, et un doctorat. À 33 ans, il était le plus jeune professeur de l’histoire de l’Imperial College. Son fils, Marcus, a perdu ses deux reins à l’âge de huit ans en raison d’une prédisposition génétique à l’insuffisance rénale. Marcus s’en est remis, mais l’épisode a focalisé l’esprit du professeur Toumazou sur l’importance de la génétique dans la détermination de notre état de santé. S’ils avaient été informés des problèmes rénaux de Marcus dès son plus jeune âge, un régime alimentaire aurait-il pu contribuer à éviter sa maladie ?

C’est ainsi qu’il a lancé l’année dernière DNANudge, une start-up d’ingénierie basée à l’Imperial College, qui analyse votre ADN et vous indique ensuite votre vulnérabilité à diverses maladies génétiques, telles que les maladies cardiaques, la maladie d’Alzheimer et le diabète. À l’aide d’un coton-tige, les patients sont invités à gratter des cellules de l’intérieur de leur joue et à les placer dans une cartouche blanche d’environ 2,5 centimètres de long. La cartouche est ensuite insérée dans une boîte (de la taille d’un lecteur de CD) qui analyse leur ADN à la recherche de signes de danger. L’idée était de donner à chaque patient un meilleur contrôle sur sa propre santé en lui fournissant une liste personnalisée de choses à faire et à ne pas faire, adaptée au profil génétique de chaque patient – une personne prédisposée à l’hypertension artérielle se verrait dire de manger moins de sel, par exemple.

Puis la Covid-19 est arrivée, paralysant les systèmes de soins de santé dans le monde entier et confinant les pays les uns après les autres, et le professeur Toumazou a alors commencé à se demander si ses cartouches pouvaient être adaptées pour scanner l’ARN plutôt que l’ADN, afin de pouvoir détecter le Sars-Cov-2 – le virus qui provoque la Covid-19.

« Il y a eu un moment où nous avons regardé la cartouche et avons pensé « Et si ? », se souvient-il. « La cartouche était déjà sophistiquée car elle a été conçue pour examiner de petites zones d’ADN et séparer une petite mutation d’une autre. Mais le virus est binaire – il est là ou il n’est pas là ».

Le coup d’envoi a été donné le 1er mars, lorsque l’agence de santé publique anglaise (Public Health England) a publié une liste des gènes pertinents pour encourager les scientifiques de tout le pays à s’impliquer dans le développement d’un test. L’équipe du professeur Toumazou s’est mise au travail, entrant et sortant des services de Covid pour examiner comment ses cartouches se comportaient face à une technologie de laboratoire plus encombrante. Les maternités étaient particulièrement reconnaissantes, car les mères présentant des symptômes pouvaient être dépistées rapidement avant la naissance, ce qui leur permettait de tenir leur nouveau-né dans leurs bras immédiatement plutôt que de devoir attendre pendant 48 heures l’annonce des résultats par un laboratoire.

En plus de fournir des résultats rapides, le test de 90 minutes du professeur Toumazou promet également d’être beaucoup plus précis que les tests traditionnels en laboratoire. Actuellement, environ deux tests Covid sur 10 donnent un résultat « faux négatif », dit-il – mais son test élimine pratiquement ce risque grâce à un contrôle intégré, qui vous indique si de l’ARN humain a été prélevé (si ce n’est pas le cas, le test a clairement échoué). « Si le test s’avère inefficace, vous le savez en une heure environ et vous pouvez le refaire. »

Les nouveaux tests ont clairement fait le buzz à Whitehall, des sources gouvernementales faisant maintenant de grandes déclarations sur leur capacité à tester des villes entières en quelques jours. Matt Hancock, le secrétaire d’État à la santé, a déclaré que des délais de 90 minutes « aideront à briser rapidement les chaînes de transmission », ajoutant : « Le fait que ces tests puissent détecter la grippe ainsi que la Covid sera extrêmement bénéfique alors que nous nous dirigeons vers l’hiver ».

Mais étant donné les difficultés que le gouvernement a déjà rencontrées pour « accélérer le dépistage », comme ils le disent, pouvons-nous être sûrs qu’il ne s’agit pas d’une fanfaronnade destinée à faire les gros titres ? « Il y a eu beaucoup de négativité quant à la réponse du gouvernement, et la question de savoir s’ils ont été trop lents à réagir s’est posée », dit le professeur Toumazou. « Mais ils ont eu des tests comme les nôtres et d’autres qui ont été validés sur plusieurs mois. Il n’y a pas de goulot d’étranglement en termes de production », ajoute-t-il. « La cartouche est un peu comme une cartouche d’imprimante, elle est très petite et évolutive, vous pouvez en fabriquer des millions, et à la fin de l’année, nous devrions produire environ un million de cartouches par mois – en plein milieu de la période de la grippe ».

Source : The Telegraph, Victoria Lambert
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises

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15 réactions et commentaires

  • LibEgaFra // 22.08.2020 à 06h57

    « une fanfaronnade destinée à faire les gros titres »

    C’est la spécialité de certains en mal de célébrité qui étaient inconnus du grand public auparavant…

    Le dépistage n’est que la première étape. Il s’agit ensuite en cas de test positif de mener une enquête pour retrouver, tester et isoler le cas échéant les personnes qui ont été en contact avec la première personne positive. Est-ce que cela est fait systématiquement?

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    • Hit // 22.08.2020 à 07h14

      La réalité est cruelle : les enquêtes auparavant menées par les ars (de manière hétérogène, certaines ars ayant fait un super boulot,d’autres n ont rien fait) sont maintenant faites par la CPAM, qui n’a ni les compétences ni le temps (en gros process automatisé, tests uniquement sujets contacts sans vraie étude pour remonter jusqu’à la source).
      Il a été mis en place une politique de chiffres pour les tests, il faut à tout pris 750000 tests semaine, d ou des tests faisables sans ordonnance. C est une catastrophe, outre le coût induit, on ne maîtrise plus rien

        +6

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  • Hit // 22.08.2020 à 07h03

    Dans l état actuel des connaissances, il n’y a pas mieux que le prélèvement naso pharyngé qui, mal fait, explique les 30 % de faux négatifs. Les tests salivaires ont pour le moment donné des résultats mitigés et sont donc toujours en cours d évaluation.
    On espère vraiment passer à autre chose que le naso pharynx, y compris la gorge ou la salive mais pour le moment, cet article est trompeur en absence d évaluation des performances par un organisme indépendant (si une source existe, je suis preneur)

      +7

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  • $noob // 22.08.2020 à 08h09

    Les tests demandent actuellement 24 heures de traitement, et deux sur dix reviennent avec un « faux négatif ».

    Cherchez l’erreur 🤨🧐🤔

    Pour travailler en hôpital Outre-Rhin, je sais que les ‘‘résultats’’ des test PCR les plus urgents sont disponibles dans les 4 heures… Et aux Urgences pour les patients COVID-Suspects les plus grave on leur fait passer un Scanner tout de suite, car la spécificité et plus élevée (Shao JM, Ayuso SA, Deerenberg EB, Elhage SA, Augenstein VA, Heniford BT. A systematic review of CT chest in COVID-19 diagnosis and its potential application in a surgical setting [published online ahead of print, 2020 Jul 9]. Colorectal Dis. 2020;10.1111/codi.15252. doi:10.1111/codi.15252).

    Et je croyais que c’était deux sur dix qui revenait avec un “faux positif” et non un “faux négatif” (Zhuang GH, Shen MW, Zeng LX, et al. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2020;41(4):485-488. doi:10.3760/cma.j.cn112338-20200221-00144)…

    Je suis perplexe 😐🤨🧐🤔

      +10

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    • Hit // 22.08.2020 à 08h34

      Attention, il faut parler de la même chose, notamment vs Scan et ne pas mélanger sensibilité et spécificité.

      % Specificité : capacité à detecter les négatifs.
      % Sensibilité: capacité à detecter les positifs.

      Test PCR: sensibilité 70%, 70% des positifs sont positifs, donc 30% des positifs sortent négatifs (alors qu’ils sont bien positifs).
      Test PCR: spécificité proche de 100%, donc 100% des négatifs sont négatifs.

      Mais ce n’est pas parce qu’une technique détecte bien les négatifs, qu’elle détectera bien les positifs (en général, ça évolue en sens inverse).

      Pour la durée du test, ça dépend des automates/kits de réactifs utilisés.
      Pour les plus rapides, effectivement 4h, voire moins.
      Pour le reste, c’est surtout un problème de logistique, on compte 24h pour le tri, acheminement et surtout capacité d’analyses des automates de routine (nombre de places limité).

        +11

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      • $noob // 22.08.2020 à 10h58

        Votre raisonnement est presque parfait 👍
        Mais à aucun moment vous ne mentionnez d’où ils sortent alors ces faux positifsEt pensez-vous que tous les Kits de PCR se valent en termes de sensibilité?
        Et dernière question un peu épineuse: qu’en est-il des taux de dilution et du seuil de positivité… à ce niveau, j’ai vu des choses assez curieuses… entre autre des très soi disant faiblement positifs un jour et négatifs les lendemain, chez des gens asymptotiques, qu’on a tout de même envoyé en quarantaine…

        🤨🤔😐

        Je reste perplexe!

          +7

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        • Hit // 22.08.2020 à 12h15

          Je n’ai pas notion de faux positifs / PCR ou alors très très exceptionnellement.
          Des faux négatifs, oui.

          Donc si on vous rend un résultat négatif / PCR mais que vous avez des symptômes évocateurs: il faut refaire le test, +/- confirmer par un scan, faire une sérologie (si > 10j aprés de début des symptômes), en gros, se méfier du résultat négatif.

          Si vous avez un résultat positif / PCR, vous pouvez faire confiance au test: c’est positif.

          Pour le reste, il existe en France, des CNR (Centres nationaux de Reférences) qui vérifient les performances des tests et qui listent / autorisent ceux qui sont suffisamment performants.

          Il y a souvent un gros décalage entre ce qui est annoncé par le fabricant de tests et la réalité: par exemple, plus de la moitié des kits de sérologie n’ont pas rempli les performances minimales donc ne sont pas commercialisables.

          Aucun test n’est sensible ET spécificique à 100%.

          Le 100% en médecine, c’est TRES RAREMENT la norme.

          Donc se méfier de tous ces effets d’annonces, d’autant qu’entre des techniques mis au point ds un laboratoire de recherche et la diffusion grand public, il y a un gouffre (process industriel etc).

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  • roseceslamort // 22.08.2020 à 09h47
  • RGT // 22.08.2020 à 12h46

    Cette information est encourageante mais évitons quand-même de nous emballer trop rapidement comme pour la chloroquine.

    Certes ce test ne promet pas de détecter 100% des cas par imposition des mains mais il faudrait qu’il soit contrôlé par plusieurs équipes dans plusieurs pays (ce qui permettrait de plus de s’assurer qu’il est efficace pour détecter TOUTES les souches mutantes de virus).

    Je reconnais qu’il y a urgence, sachant de plus que la pandémie semble repartir de plus belle (ou simplement parce que l’on fait simplement plus de tests).
    Mais ne cédons pas à une précipitation qui pourrait s’avérer plus néfaste que l’attente d’une confirmation.

    Et le gouvernement britannique ayant commis « quelques petites erreurs » récemment vis à vis de la gestion de cette pandémie pourrait très bien avoir promu ce test simplement pour des raisons politiques afin de se racheter auprès de la population.

    J’attends des confirmations fiables et scientifiques de la fiabilité de ce test.

    Si c’est le cas, nous pourrons alors « crier victoire » et remercier son inventeur.

    Et si ce n’est pas le cas, il ne faudra pas traîner ce dernier dans la boue car il semble (à confirmer) avoir eu une approche sincère, sans (du moins à ma connaissance) avoir fait de battage médiatique sur son « inspiration divine » pour satisfaire son ego.

      +4

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  • Cricri33 // 22.08.2020 à 15h42

    Des tests tout pourri !
    Notre ami Denis Robert a rencontré un « caillou » (le physicien David Mendels) et il n’en revient pas !

    https://covidinfos.net/covid19/les-tests-covid-pas-fiables-selon-le-physicien-david-mendels/1659/

      +5

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    • Charles // 23.08.2020 à 09h48

      A voir absolument.

      Vous avez noté que dans l’article le test dont il est fait état ne fait pas la différence entre la grippe et le SARS-Cov-2 ? Et je me demande dans quelle mesure les autres coronavirus sont détectables ou non (vu que tous les influenza le sont).

        +1

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  • Boule et Bill // 23.08.2020 à 08h27

    Non ne jouons pas avec la seconde vague qui s’annonce. Puisqu’il y a autant de faux négatif appliquons le principe de précaution et faisons comme Joe Biden le promet en cas d’élection (donc votez pour lui si vous êtes là-bas) : confinement strict pour tout le monde ! Et je rajouterai jusqu’en 2022, au minimum, puisque l’OMS nous affirme que le Covid-19 sera toujours là dans deux ans, ensuite on avisera. Ainsi on évitera peut-être des millions de morts.

      +1

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    • herve_02 // 24.08.2020 à 01h42

      « Ainsi on évitera peut-être des millions de morts. »

      je pense que c’est une litote… « Ainsi on évitera peut-être des milliards de morts. » ce qui est plus représentatif de la vérité scientifique.

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    • Rémi // 24.08.2020 à 17h00

      non on causera des millions de morts.
      Le chomage c’est 5000 morts par ans et millions de chomeur. Foutons tout en l’air et le résultat sera garanti.
      Le Covd faisait entre 1 et 3% de morts, ce n’est pas non plus la peste noire il faut savoir raison garder.

        +3

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  • Charles // 23.08.2020 à 09h42

    « Les tests peuvent détecter la grippe aussi bien que le syndrome Covid »

    Ah. Toute grippe va être mise sur le compte du Covid.

      +4

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